ادغام و تفکیک دو معاونت فرهنگی و دانشجویی به‌عنوان فرآیند سازمانی‌ای که دو مرتبه در دانشگاه اتفاق افتاده است، تأثیر قابل توجهی بر فعالیت‌های فرهنگی دانشگاه گذاشته است. در پی ادغام معاونت­ های فرهنگی و دانشجویی، در ساختار تفصیلی دانشگاه متناسب با کوچک‌سازی ساختار اصلی، بخشی از پست‌های سازمانی ستادی حذف شود و برخی نیز در یکدیگر ادغام می­ گردند. همچنین این امر سبب چابک سازی سازمانی در حوزه فعالیت ­های دانشجویی می­ شود. در تاریخ مرداد 1394 صدیقی، رئیس سازمان امور دانشجویان وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مسئله ادغام دو معانت فرهنگی- اجتماعی و معاونت دانشجویی را اعلام کرد و گفت: ادغام معاونت دانشجویی با معاونت فرهنگی دانشگاه‌ها به هیات امنای هر دانشگاه سپرده شد؛ اما در حوزه ستادی هر دو معاونت کار خود را دنبال می‌کنند. وی یکی از علل ادغام را وجود ماموریت‌های مشترک بسیار زیاد دانست. مدتی بعد ضیاء هاشمی، معاون فرهنگی این وزارت، در خصوص ادغام معاونت‌های فرهنگی و دانشجویی در دانشگاه‌ها، گفت: این تفکیک پیش از این در دولت اصلاحات صورت گرفت و ما به عنوان وزارت علوم اصرار داریم که تفکیک معاونت‌های فرهنگی و دانشجویی حفظ شود، البته این مسأله می‌تواند در دانشگاه‌های کوچک به شکل دیگری صورت گیرد و این دو حوزه ادغام شوند؛ این الزام برای دانشگاه‌های کوچک بیشتر است. بنابراین این اقدام از سوی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دفتر معاونت فرهنگی اجتماعی با تفیض اختیار به دانشگاه­ ها ابلاغ شد. در این میان برخی از صاحب نظران همچون ضیاء هاشمی طرح ادغام معاونت های فرهنگی- اجتماعی و دانشجویی را الزام دانشگاه های کوچک دانسته اند؛ چرا که از حجم فعالیت کمتری برخوردارند. در عین حال دانشگاه فردوسی مشهد به عنوان یکی از دانشگاه های بزرگ کشور در سال 1395 اقدام به این عمل کرد.

اجرای این تغییر ساختاری در دی ماه 1395 از طرف وزارت علوم ابلاغ گردید، اما در متن ابلاغ ، ارزیابی و بازنگری 3 ساله این ساختار مشروط شده است. لذا طرح مذکور به منظور ضرورت بررسی و ارزیابی این تغییر ساختاری مهم انجام شده است.